本发明涉及观察植物根内部显微结构的方法，可有效解决用光学显微镜清晰观察植物根的内部结构问题，方法是，首先，将挖出植物的根，清洗后剪成小段，再将根用甲醇固定，然后，用琼脂糖溶液包埋，冷却凝固后修成小块，徒手切片后，置于容器内的蒸馏水中，再进行乳酸透明，盖好，用小檗碱或荧光黄染色后用水漂洗，再用甲苯胺蓝O或番红O进行后染色，再用水漂洗，水封片后，用倒置荧光显微镜观察并摄像，可以得到清晰的图像，实现观察植物根内部显微结构，有效用于药物植物的分类、发育学、生态学、生理学的研究，本发明方法简单，操作容易，成本低，工作量小，成功率高，效果好，可以用于对根形态解剖的研究，对于植物较细的根切片更为简单有效。