本发明公开了一种鱼籽生物酶法脱囊衣的方法，步骤为：1)鱼籽解冻；2)将鱼籽放入1.2～1.6mol/L盐水中进行定形处理；3)将定形后的鱼籽进行漂洗；4)配置质量浓度为0.5～0.8mg/mL的胰蛋白酶溶液，搅拌均匀后保存备用；5)将鱼籽浸泡于上述配置的酶解液中，在水浴恒温振荡器上进行酶解；6)用浮选法剔除结缔组织后再用流动的去离子水(10-15℃)对酶解后的鱼籽进行清洗，沥干。本发明较传统的人工筛选或机械方法脱囊衣相比，不仅具有方便、高效、且对鱼籽表面损伤小的特点，而且提高了鱼籽脱囊衣的效率，节省了劳动力，使鱼籽制品的口感更佳，适用于各种鱼籽表面囊衣的去除。