本发明提供一种微生物复混肥料制造方法，具体步骤如下：1）培养原始菌种得到复合菌剂，将复合菌剂、营养成分、菌种载体按比例混匀制成料浆；2）按比例混合其余原料，造粒，烘干冷却后分级，获得复混颗粒肥料；3）将料浆喷洒在复混颗粒肥料中进行接种，低温烘干、冷却、计量包装，得到微生物复混肥料。本发明还提供实施所述微生物复混肥料制造方法的装置，由复混造粒装置和制浆接种装置构成，两者以输送带连接。本发明的优点在于，利用本发明方法生产的微生物复混肥料总有效活菌数含量大，菌种活性高，兼有缓释肥的功能，肥效期长，经济效益好，且能改良土壤，改善环境。