本发明涉及一种粘红酵母油脂基因工程菌及其构建方法和应用，其基因工程菌的构建方法主要利用粘红酵母rDNA为同源整合的靶序列，将酿酒酵母的强启动子基因PGK1和卷毛枝霉的苹果酸酶基因ME构建成表达载体引入粘红酵母，使ME基因在粘红酵母体内获得高效表达，转化株脂质含量较野生菌株提高2.5倍。本发明在了解微生物油脂合成代谢的基础上，通过导入脂质合成代谢的关键酶基因和强启动子，将为调控脂质代谢，提高油脂产量。该基因工程菌株可应用于微生物油脂的生产和功能性油脂相关产品的开发，如药品，保健品等。