本发明公开了一种能在线清洗换热器的冷却系统，包含至少两个支路，所述支路包含换热器和进水排污阀，所述换热器的两端通过支管分别与主干进水管路、主干回水管路连接，所述主干回水管路设有主干回水阀门，同时所述换热器的两侧支管上分别安装有进水阀门和回水阀门，所述进水排污阀安装在所述换热器和其进水阀门间的支管上，所述进水排污阀连接有排污管。本发明提供的能在线清洗换热器的冷却系统，通过在支管路上安装排污管和排污阀门，利用冷却系统原有的管路和阀门，实现换热器的在线清洗，避免费工费时的离线清洗，也无需现有技术中复杂的进回水管道切换设备或者另外加清洗管道泵的清洗方式。