本发明涉及果葡糖浆分离技术，旨在提供一种集成反应分离制备果葡糖浆的区域选择性控制方法及装置。经过酶异构化及后处理的产物送入通过串并联模式切换控制的多元分流式集成系统，实现分离提纯；产物经色谱分离柱提纯分离后，废液和果葡产物分别送入废液回收罐和果葡提取罐；未能完全分离的混合物则流入串联的下一组色谱分离柱，并通过其完成进一步分离。本发明过程绿色环保且可循环利用，排放量减少且无后患；原料利用充分，直接提高产率，反应程度可控，有利于每一区都达到最好的分离效果；生产系统稳定可靠，产品纯度提高，且可以根据实际情况获得所需浓度的产品；过程和装备高度集成，能耗低且自动化程度高，实现一体化连续生产。