本发明公开了一种电力电子系统协同控制方法，通过在串联型有源电力滤波器的耦合变压器原边并联一个比较大的限流电感，并通过其协同控制方法，在正常工作时使串联型有源电力滤波器补偿谐波电压，在负载侧出现短路故障时串联型有源电力滤波器主电路退出运行，耦合变压器副边呈现高阻抗，从而通过并联的限流电感限流；此系统不仅具有串联型有源电力滤波器补偿谐波电压的功能，同时还具有限流功能，有效的提高电网的供电可靠性和电网电能质量，经济效益和环保效益显著。本发明的方法解决了电网中的各种电能质量问题，为有效解决电网短路电流限制及电能质量问题提供理论和技术基础。