本发明公开了一种高生物活性发酵豆粕的制备方法，该制备方法包括：制备复合发酵菌、豆粕接种混合、固态发酵、发酵豆粕物料部分干燥、干燥发酵豆粕和原有发酵豆粕混合、包装。本发明的最大优势在于豆粕发酵结束后，绝大部分物料不用干燥处理，只需取极少量物料低温干燥再直接通过一次混合处理即可打包。因为此发酵豆粕没有经过高温干燥的过程，所以可以最大限度的使发酵豆粕中营养成分免受干燥过程的破坏，在此发酵豆粕被包装后，发酵益生菌基本全部存活下来并且可以长期保存，物料营养价值和生物活性非常高。