一种球等鞭金藻胞外多糖的分离纯化工艺，它以球等鞭金藻培养液为原料制得球等鞭金藻胞外粗多糖；采用离子交换柱层析对球等鞭金藻胞外粗多糖ECPS进行分离，获得中性多糖和酸性多糖组分；将中性多糖和酸性多糖组分加载于凝胶柱层析，获得8个组分，除ECPSⅡ-A组分外，其余多糖组分量较少；采用凝胶柱层析纯化ECPSⅡ-A组分，获得单一多糖组分。经乙醇沉淀和冷冻干燥，制备到胞外纯多糖ECPSⅢ。本发明方法建立了球等鞭金藻胞外多糖的分离纯化工艺，该工艺简单合理，而且具有稳定的重现性和良好的可操作性。为后续研究此多糖的生理活性奠定了良好的实验基础；并且该微藻多糖与其它多糖类物质一样，可以在医药和医学领域中得到应用。