本发明公开了一种用于非平整衬底晶圆级纳米压印的复合软模具及制造方法。该复合软模具包括：特征结构层、刚性限制层和弹性支撑层。其中，特征结构层包含所要复制的微纳米图形结构，采用透明的氟聚合物基材料；刚性限制层位于特征结构层之上，限制特征结构层的横向变形和纵向变形；弹性支撑层位于刚性限制层上。该复合软模具的制造方法包括：（1）制造母模；（2）制造并结合刚性限制层和弹性支撑层；（3）制作特征结构层；（4）结合特征结构层和刚性限制层；（5）脱模。该复合软模具的显著的优点：高精度、大面积、与非平整衬底良好的共形接触能力、易于脱模和长的使用寿命，它特别适合于大尺寸、高分辨率非平整衬底晶圆级纳米压印工艺。