本发明提供了检测水稻品种密阳46高硅含量等位基因qHUS6的16个特异性PCR分子标记，分别为Si2925A、Si2925B、Si2926A、Si2926B、Si2927A、Si2927B、Si2927C1、Si2927C2、Si2927C3、Si2933A、Si2933B、Si2933C、Si2936、Si2939、Si2940、Si2946的PCR引物。利用这16个标记对水稻苗期所提取的DNA进行鉴定，可以检测待测材料是否转入水稻品种密阳46的高硅含量等位基因qHUS6，即是否具有提高水稻硅含量的能力，整个检测过程操作简单且准确性高。