本发明涉及一种利用子叶下表皮细胞死亡率鉴定棉花耐盐能力的方法。步骤是:在棉花子叶期，选取厚度一致的叶片，轻轻撕取叶片的下表皮；将准备好的下表皮放到浓度为3.5M的NaCl溶液中处理10～15min；利用0.03～0.05%的中性红溶液对经盐溶液处理的表皮，染色5～10min；将经过活体染色的表皮放入pH值略高于7的自来水中浸泡3～5min，然后通过光学显微镜下观察表皮细胞的死亡情况，根据活细胞染成樱桃红色，死细胞不着色的原理，记载同一面积下的细胞死亡数，通过子叶下表皮细胞的耐盐能力确定棉花植株的耐盐能力。本发明能快速准确判断基因型的耐盐能力，省工省时，不受季节和环境的影响，提高了鉴定效率。