本发明涉及一种用于航空电源的电源系统差动保护方法及其系统，采用对发电机电流互感器和负载电流互感器信号进行隔离处理，通过配置电流互感器的同名端方向，将发电机电流互感器和负载电流互感器信号的差模信号和共模信号分离，利用差模信号延时比较后用于电源系统的差动保护，共模信号可用于发电机的电流调节模式。本发明的有益效果：可以降低电流敏感电路的功率损耗。另外由于采用电流敏感方式和隔离措施，发电机、负载电流互感器与控制保护电路进行了有效隔离，能够有效提高保护电路在雷电效应以及高强辐射场等电磁环境条件下的适用性，提高民用飞机系统的安全性和可靠性。