本发明公开了来源于棉花的miRNA-GhmiRnE及其应用。本发明保护的GhmiRnE是序列表的序列1所示的RNA。本发明保护的GhmiRnE前体（pre-GhmiRnE）是序列表的序列2所示的RNA。本发明还保护序列1所示RNA在抑制乙酰辅酶A羧化酶β亚基基因表达和/或促进乙酰辅酶A羧化酶β亚基基因的mRNA降解中的应用。所述乙酰辅酶A羧化酶β亚基如序列表的序列3所示。所述乙酰辅酶A羧化酶β亚基基因如序列表的序列4所示。应用miRNA-GhmiRnE有望获得在棉花纤维长度，强度有重要表型的植株，具有重要的生物学意义和潜在应用价值，将为棉花的品质育种（如培育抗逆性棉花）提供宝贵的基因资源，带来一定的研究价值和社会效益，并最终用于实际生产。