本发明公布了一种海参多肽的加工方法，其特征在于：包括以下步骤：A、预处理：鲜海参经清洗后打浆、均质，制得海参浆；B、酶解：不调PH值，加入木瓜蛋白酶与复合蛋白酶，与鲜海参自身含有的自溶酶构成多酶体系进行酶解后，加入风味蛋白酶继续酶解至酶解完成；C、分级：经普通过滤、微滤后，采用超滤分级结合梯度稀释对海参多肽酶解液进行分级； D、包装：干燥完成后采用防潮包装。本发明中的木瓜蛋白酶和复合蛋白酶在酶解体系中具有协同作用，增强酶解效果，整个酶解过程方便操作，利于大规模生产需要，同时提高分离效率，获得高纯度高品质的分级海参多肽，且无有机溶剂的加入，安全性高，为开发海参多肽提供了保障。