本发明涉及兼抗根结线虫和烟草疫霉的烟草内生菌及其应用，其特征在于：所用的生防微生物为芽孢杆菌BacillusamyloliquefaciensZY-9-13菌株，该菌株2012年05月29日保藏于中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心，保藏号：CGMCC？No.6162。菌株的16SrRNA基因序列（此序列在GeneBank数据库中的序列号为JF731241）是鉴别该菌株的主要特征依据。本发明的微生物菌体及其代谢产物，能与农药常规吸附载体和助剂制成ZY-9-13可湿性粉剂生防菌剂。该菌剂对烟草根结线虫-烟草黑胫病菌复合侵染有很好的防治效果。本发明的生防菌剂具有成本低、防效高、无残留、对人畜安全的特点，是防治烟草根结线虫-黑胫病复合侵染的高效生物农药。