一种空间纯引力轨道万有引力摄动在轨飞行验证方法，1，将纯引力飞行卫星在模式一下运行一定周期，记录轨道观测数据，2，将卫星绕径向主轴做180°旋转，作为模式二，再次运行与步骤1中相同的周期并记录轨道观测数据，3，分别得出两种模式下的轨道半长轴长期变化，做差得到两种模式下轨道半长轴变化量之差的实际观测值；4，通过轨道摄动方程，得出两种模式下万有引力摄动导致的轨道半长轴变化量之差的理论预测值；5，对比理论预测值与实际观测值，验证理论预测值的准确性。本发明在纯引力飞行任务初始化阶段，利用卫星的不同飞行状态，对纯引力轨道万有引力摄动这一最主要的摄动因素，进行在轨验证，为万有引力摄动计算方法提供检验。