本发明公开了一种惯性导航系统中跨音速段气压高度计和GPS信息两步融合方法，包括互补滤波和卡尔曼滤波，其中互补滤波采用大气/GPS高度通道互补融合滤波，以消除气压高度值剧烈变化；卡尔曼滤波通过建立气压高度计/GPS/惯性导航系统组合导航系统状态方程和量测方程，通过两步融合最终得到惯性高度通道的状态最优估计。本发明中气压高度计和GPS组成高度冗余和故障检测隔离系统，可以有效提高飞信过程中特别是跨音速阶段高度值得精度，为精确导航和飞行控制提供有力条件。