本发明公开了一种高效的种子标记方法，利用该方法可以扩繁植物雄性不育种子，为杂交制种带来便利。进一步，本发明利用控制植物雄性生育能力、籽粒特殊形状(如大小、长短、宽窄、薄厚等)的核苷酸序列及转基因技术，发明了一种高效扩繁植物雄性不育系的新方法。本发明将控制雄性生育能力的野生型核苷酸序列和籽粒形状的核苷酸序列连在一起转入常规玉米，然后回交到纯合隐性雄性不育系植株，利用获得的转基因植株与纯合隐性不育系杂交后，可以同时得到大量的不育系和保持系种子。由于控制籽粒形状核苷酸序列的作用，可以通过籽粒形状区分不育系和保持系。其中形状正常的种子为不育系(不含转基因序列)，形状异常(如籽粒变小)的种子为保持系。