一种适用于烟碱及其代谢物分离的毛细管电色谱测定方法，包括毛细管电色谱分离测定中使用的毛细管硅胶功能柱，其特征在于：毛细管硅胶功能柱为经过处理的特定毛细管硅胶功能柱，所述特定毛细管硅胶功能柱，由三甲铵乙内酯修饰的杂化硅胶毛细管柱、端基封尾的十八烷基硅烷键合硅胶毛细管柱或多面体倍半硅氧烷甲基丙烯酸-甲基丙烯酸羟乙酯共聚聚合柱中的任意一种组成；同时在毛细管硅胶功能柱末端施加负电荷高压和进样端上施加液相泵辅助压力，在电泳分离和毛细管液相色谱分离的双重作用下实现烟碱及其代谢物的连续分离。本发明综合应用了电泳和色谱模式分离待测物，大幅度提高了烟碱及其代谢物的色谱洗脱效率和分离柱效。