一种自动配药系统，包括消毒系统和机电控制系统，在机箱上有一个由直线步进电机（1）带动的金属气缸（2），气缸出气嘴用软管与一次性配药管的气嘴（3）连接，一次性配药管由配液瓶（4）、气嘴（3）、三通（5）、带针输液管（6）、平口输液管（7）组成，立板（8）上有一次性配药管开闭机构，即带针输液管（6）、平口输液管（7）分别放在立板（8）的隔槽（9）上，隔槽（9）上面有带压板的翘板（10），通过电机和弹簧按下或松开输液端和吸药端；所述消毒系统是在立板（8）上设喷枪（11），喷枪下接空压机和消毒液瓶，喷枪按键有压杆。本发明自动消毒、自动配药，以提高配药效率、减轻护士工作量。