本发明涉及膜过滤技术领域，具体地说是一种耐高温有机膜过滤系统及工艺，包括原料箱、进料泵、膜组件、过滤液储罐、反洗泵、热水储罐、蒸汽发生器和阀门，膜组件为耐高温有机膜组件，进料泵与原料箱相连，进料泵的另一端连接膜组件的进口一和进口二，膜组件的出口一和出口二连接过滤液储罐，膜组件的出口二连接反洗管道，反洗管道中设有反洗泵和热水储罐，膜组件的进口二连接无油压缩空气，膜组件的进口一、出口一与蒸汽发生器相连，膜组件的进口二和出口二连接冷凝液排出管道，进料泵、反洗泵和阀门通过线路连接电气控制系统；本发明能在高温流体环境下运行，采用空气、蒸汽、热水对膜组件进行消毒、清洗，膜过滤通量更大，占地更小，投资更省。