本发明涉及一种改性的端羟基超支化聚酯树脂的制备方法，该方法由以下步骤组成：将三元醇和摩尔量为三元醇0.5~1.0倍的间苯二甲酸混合均匀后加热至70~90℃，加入重量为三元醇0.05~0.1倍的硅醇和重量为三元醇0.02~0.1倍的二甲苯；在180~210℃下加热1~3h后，继续升温至220~240℃加热1~3h；然后，降温至90℃，加入重量为三元醇1.0~1.5倍的有机溶剂、重量为三元醇1.5~2.5倍的有机硅低聚物和重量为三元醇1~5%的交联催化剂，升温至110~120℃，加热2~3h；最后，降温至90℃，另加入有机溶剂调整固含量为60~70%。该方法将在合成聚酯时加入硅醇，提高聚酯的耐热性能和柔韧性；将有机硅低聚物和聚酯进行交联反应，提高聚酯的耐热性能。本发明所述方法制备的聚酯树脂可以用于制备耐高温且柔韧性好的涂料。