一种马桶的自动消毒装置，包括马桶主体、马桶盖、座圈和消毒装置，消毒装置设置在马桶盖的内侧或外侧、或设置在马桶盖、座圈与马桶主体的连接处；消毒装置在马桶冲洗时联动工作或不联动工作。本发明在马桶上设置有独立于水箱的消毒装置，该消毒装置通过微电脑控制，既可以定时定量对马桶消毒；也可以通过遥控器，或红外线感应，或手动机械操作对马桶进行消毒。本消毒装置可以不在马桶冲洗时联动工作；也可以在马桶冲洗时联动工作，在水箱冲水前、或冲水中、或冲水后对马桶进行消毒。