一种带有水平法兰结构燃气轮机机匣的电子束焊接方法，它涉及一种带有水平法兰的机匣的焊接方法，本发明是为解决现有的半环式燃气轮机机匣焊接方法水平法兰焊后变形大、工装设计制造复杂、工装重复使用率低和生产效率低的技术问题，焊接方法如下：一、机械加工；二、清理待焊零件表面；三、点焊；四、划线；五、装配；六、定位点焊；七、找正；八、差补；九、电子束焊接。本发明的焊接方法实现了四件水平法兰一次真空电子束焊接，焊后变形小，生产效率提高一倍，X光探伤无损检测，焊缝未出现未焊透、气孔、裂纹与击穿等缺陷，焊缝质量符合要求，且工装设计制造简单，工装重复使用率高，可用于燃气轮机机匣水平法兰的焊接。