本发明公开了一种短小芽孢杆菌AB3，该菌株保藏名称为Bacillus？pumilus？AB3，其保藏编号为CGMCC？NO:6408，其具有抑制霍乱弧菌生长或繁殖的能力。该菌作为霍乱弧菌拮抗菌可以制成抗菌制剂在水产养殖中进行应用，可作为替代化学消毒剂的有益微生物制剂，用于改善渔业水质，清除水产品养殖系统中的霍乱弧菌，从而预防霍乱弧菌对水产养殖对象的危害，促进水产养殖业的发展；避免水产品携带霍乱弧菌，保障人类健康安全。