本发明提供包括利用光合作用微生物的光合作用将作为碳源的二氧化碳变换为生物量后，再制造生物燃料的技术的一连串的生物燃料制造方法。本发明的生物燃料制造方法，其特征在于，包含用培养液培养在细胞内积蓄油脂和碳水化物的光合作用微生物的培养工序（S1）、使在上述培养液中培养的光合作用微生物的细胞内积蓄的碳水化合物油脂化的油脂化工序（S2）、从上述光合作用微生物的细胞内提取油脂的提取工序（S3）、以及使上述提取的油脂改性的改性工序（S4）。