本发明提供了一种利用丙二酰基人参皂苷制备人参稀有皂苷的方法，将鲜人参粉碎，室温下用乙醇超声提取，减压回收溶剂，浓缩为水溶液，水溶液用正丁醇萃取，萃取后的水层放到高压锅中蒸煮，取出蒸煮过的水层上大孔树脂柱，用乙醇洗脱，回收乙醇后，得到稀有人参皂苷20R-Rg3、20S-Rg3、Rg5和Rk1。此方法最大限度地将丙二酰基人参皂苷转化成药用价值极高的人参稀有皂苷，具有操作简单、快速、成本低廉、转化率高，为人参稀有皂苷工业化生产、新药制备提供方法保证。