本发明提供一种模块化多电平柔性直流子模块控制保护方法，采用集成在一个芯片内的FPGA和MCU作为主控芯片，可在恶劣的电磁环境中实现FPGA和MCU之间的高速数据交换。通过FPGA和MCU的结合既可以通过FPGA对子模块进行高实时的控制与保护，同时可以通过MCU弥补FPGA的不足，通过MCU对子模块故障进行记录和管理；对子模块电压进行数字滤波处理。从而提高模块化多电平式柔性直流输电系统的各个子模块的控制能力、故障保护和故障记录能力，增加整个直流输电系统的稳定性。