一种环氧脂肪酸酯的合成方法，该方法包括使甲(乙)酸与双氧水在第一个微反应器中接触混合，引发过氧化反应，使被引发的过氧化反应物料在流出第一个微反应器后，在与第一个微反应器出口连接的延长管道(毛细或微管道)中继续反应数分钟生成过氧甲(乙)酸；原位生成的过氧甲(乙)酸及未反应双氧水与脂肪酸酯在第二个微反应器中接触混合，引发环氧化反应，使被引发的环氧化反应物料在与第二个微反应器出口连接的延长管道中、或其它釜式储料器中继续反应数分钟生成环氧脂肪酸酯。该方法将有机酸过氧化及双键环氧化反应串联集成，连续合成环氧脂肪酸酯，过程安全可控，优化条件下脂肪酸酯内的双键转化率大于90％，环氧脂肪酸酯的选择性大于80％。