一种动力定位系统的推力分配方法，采用以下步骤：一：将推进器分为数个小组，并固定组内推进器方位角的相对角度，但不固定绝对角度；二：由控制指令的低频部分使用优化算法求出一个缓慢变化的推进器方位角，再使用优化算法求出推进器的推力；具体步骤为：将k时刻的控制指令τc，k输入到由一阶惯性环节构成的低通滤波器中，然后，再进一步离散化得低频部分τk+1；由控制指令τc，k采用序列二次规划法计算出各推进器的推力大小fk和推进器方位角αk；再应用二次规划法求出推进器的推力fk；并在所设置的目标函数和部分约束条件的公式中，加入推力折减系数p。本发明可以将推进器的推力和推进器的方位角分开计算，避免了由于线性化造成的误差及奇异结构，降低了推进器的能量消耗。