本发明公布一种利用发酵法生产聚羟基烷酸酯的废水生产蛋白饲料的方法。目前处理提取PHA后的废水，虽可采用生物法、化学法、离子交换法等处理，但成本高，且浪费蛋白资源，增加成本。该方法将酸液加到生产聚羟基烷酸酯产生的废水，调节pH值至2.5～4.5，出现蛋白质凝聚，在25～85℃下离心，得到蛋白沉淀；蛋白沉淀脱水干燥，得到蛋白饲料。该方法还可在蛋白沉淀脱水干燥后，测定其蛋白含量、PHA含量和磷脂含量，将蛋白沉淀与辅料混均，得到蛋白饲料，该蛋白饲料蛋白质量含量为28～58﹪、PHA质量含量为5～18﹪、磷脂质量含量为5～10﹪。本发明制备的蛋白饲料含PHA、磷脂和17种氨基酸，可作为水产饲料。