本发明公开了一种基于二氧化硅纳米通道分离氨基酸对映异构体的方法，以氧化铝为模板，采用溶胶-凝胶法在标称孔径Φ100nm的氧化铝模板的孔壁内沉积二氧化硅20~40min，二氧化硅纳米通道。β-环糊精通过氢键修饰在富含羟基的二氧化硅纳米通道孔壁上，形成手性的纳米通道。在含D型色氨酸（D-Trp）和L型色氨酸(L-Trp)的混合溶液中，当D-Trp和L-Trp通过β-CD功能化的SiO2纳米通道时，由于β-CD对D-Trp的亲和力大于β-CD对L-Trp的亲和力，D-Trp在纳米通道中的迁移速率低于L-Trp在纳米通道中的迁移速率，借此实现对色氨酸对映异构体的分离。基于此发明发展了SiO2纳米通道分离色氨酸对映体的方法。