本发明公开了一种智能自流补水系统及应用该系统进行自流补水的方法，该系统包括管道、阀门、流量计、水位计和控制箱；所述管道的一端位于补水池中，另一端位于蓄水池中；所述阀门和所述流量计均设置于所述管道中；所述水位计设置于所述蓄水池中；所述控制箱通过控制电源线分别与所述阀门和所述流量计连接，所述控制箱通过信号电缆与所述水位计连接。自流补水系统可结合坝体、山体等布置，结构简单，经济实用；控制箱根据水位计测量水位自动计算所需补水量，可随时监控补水量；自动启闭阀门、操作方便快捷、安全可靠。可广泛用于蓄水池、水库等补水、充水工程。