本发明公开了一种磷灰石中空微球及其制备方法，包括如下步骤：将酵母细胞接种在含0~10mg/ml锶盐的酵母浸出粉胨葡萄糖培养基中，摇晃培养1~3天，离心纯化后获得富集的酵母细胞；将酵母细胞通过层层自组装技术处理，得到自组装的生物模板；将生物模板浸入钙盐和锶盐的摩尔比例为：Sr/(Ca+Sr)=0~15%的混合溶液，连续搅拌，分离后得到吸附金属离子的生物模板；将上述生物模板浸入磷盐溶液中，调pH值，搅拌，分离干燥，得到复合微球；将上述复合微球在100~900℃保温1~6小时，即获得磷灰石中空微球。该微球具有多孔中空结构和良好的细胞相容性，可制成药物载体或人体组织工程支架，应用于骨组织缺损医疗领域。