本发明涉及一种利用厌氧铁氧化、反硝化菌净化污水中砷和硝酸盐的方法，该方法通过从厌氧活性污泥中分离到目标菌株，在纯培养条件下富集10-15天后，厌氧条件下将菌液与含砷和硝酸盐的复合污染水混合，调节pH值为4.0-10.0，培养去除水中的As和NO3-，通过铁氧化反硝化菌氧化Fe2+形成Fe(III)氧化物的吸附作用去除As，达到同步去除地下水中As和硝酸盐复合污染的目的。该方法特殊的Fe源和N源代谢途径去除水中的As和NO3-，工艺简单，操作方便，处理成本低，处理范围大，无二次释放，无二次污染。