本发明涉及一种分布式发电并网系统防孤岛保护系统及其保护方法，基于载波通信和分散检测技术，包括分散检测装置用于采集系统侧电气量，并对电气量进行数据处理及逻辑判断，判断公共电网是否失电；中央检测装置接收来至分散检测装置的信息进行逻辑判断，实现分布式发电并网系统公共连接点处保护功能，并向分布式电源并网点开关发送控制指令；通讯装置用于将分散检测装置信息传送给中央检测装置，以及将中央检测装置的控制命令传送给分布式电源并网点开关。本发明通过上位载波机获取电网侧的信息进行孤岛判别和下位载波机对用户侧分布式电源的并网点开关进行控制，切除分布式电源，防止孤岛效应的发生，提高分布式发电并网系统的可靠性和安全性。