本发明公开了一种电机复合控制系统及其控制方法。该系统包括PC机、与PC机相连的数据采集卡、驱动逆变器、电机及数据采集传感器；数据采集卡控制驱动逆变器的输出，接收数据采集传感器的数据；PC机装有虚拟仪器软件，负责数据采集处理和基于SVPWM控制策略的控制信号输出；DSP处理器中装有作为独立模块的复杂算法控制器，负责所述电机复合控制系统中复杂算法的核心运算；数据采集卡的模拟数字输入输出端口通过光电转换器和光纤与DSP处理器连接，传递PC机与DSP处理器之间的数据。与现有技术相比，本发明通过DSP处理器和虚拟仪器软件并行承担不同任务，能够提高控制系统的运算能力，实现复杂控制算法，提高电机控制精度。