一种含有杂原子的ZSM-39分子筛合成方法是将硅源、杂原子源、碱源、哌啶和水混合均匀制成凝胶，在一定温度下，将反应混合物在自生压力下水热晶化，经过滤、洗涤、干燥，获得含有Ti、V、Cr、Fe、Co或Ni的杂原子分子筛，其X射线衍射(XRD)谱图为ZSM-39分子筛的结构，其红外光谱(IR)中800cm-1处Si-O四面体的振动频率发生偏移，范围在778-813cm-1。本发明方法简单可行，成本低廉，到目前为止，还未能获得有关含有杂原子的ZSM-39分子筛合成方法的公开报道。