本发明提供一种用于内燃机燃油系统多次喷射控制方法，控制方法主要包括两个步骤：第一步根据油轨压力和目标喷射油量读取特征映射表，获取后次喷射指令的基本值；第二步，根据获得的后次喷射控制指令随两次喷射时间间隔的波动模型，综合考虑油轨压力、两次喷射油量、燃油温度、喷油器开启关闭延时等因素对波动模型的影响，获取后次喷射控制指令的修正值。波动模型包含一个基模型和一个衰减模型。基模型用来表征控制指令修正值在一个周期内的变化情况，基模型的形状、幅值等参数由具体的喷油器特性决定。衰减模型主要考虑控制指令修正值随着时间间隔的衰减特性。