本发明设计了一种基于卫星导航和Kalman滤波的高精度授时系统及方法，该系统包含数据解算与授时滤波两部分。数据解算部分采用传统的最小二乘法解算出北斗二代接收机的位置信息以及钟差信息，之后利用Kalman滤波器对钟差信息进行滤波得到秒信号发生器的相位误差信息以及频率误差信息，最后利用滤波得到秒信号发生器的相位误差信息以及频率误差信息对秒信号发生器的初始相位以及频率计数字进行调整，实现高精度授时的功能。本发明解决了现有技术条件下授时精度不高，以及秒信号发生器易受晶振频率误差影响的问题。