一种SSAP分子标记技术在牡丹上的标记方法，包括设计引物、牡丹基因组DNA的提取、牡丹基因组DNA酶切、接头的准备、酶切产物和接头的连接、连接产物的预扩增、选择性扩增反应、聚丙烯酰胺凝胶电泳检测等步骤。本发明通过设计牡丹属逆转座子LTR序列引物，经过聚丙烯酰胺凝胶电泳检测，条带丰富，和应用其他物种上的LTR引物相比，本引物可直接用于牡丹种属之间多态性的分析，更具有高效性和实用性，在本发明中选择性扩增PCR体系得到优化，更适合牡丹属SSAP分子标记的扩增，改进了聚丙烯酰胺凝胶电泳中银染的方法，将银染中固定和染色步骤合二为一，进一步提高了SSAP分子标记在牡丹属上应用的效率。