本发明提供一种控深铣定位方法，包括如下步骤：在待控深铣的印刷电路板(1)上设定控深区域(3)；在该控深区域(3)周围的印刷电路板上设置多个定位孔(4)；对应所述定位孔(4)设置定位件(5)，并通过所述定位件(5)将待控深铣的印刷电路板(1)固定在控深铣加工设备的机台(2)的平整台面上。相应地，提供一种应用上述定位方法对其上的控深区域进行定位的印刷电路板。本发明所述的控深铣定位方法以及应用上述定位方法的印刷电路板能够解决了现有技术中因印刷电路板出现局部板翘而引起的控深铣精度不高的问题，提高了印刷电路板的控深铣精度。