本发明公开了一种电动自行车用燃料电池/锂离子电池混合动力能量管理系统，包括一用于管理所述燃料电池系统单元向锂离子电池单元充电及混合动力系统对外供电，并分别与所述燃料电池系统单元、锂离子电池单元进行电连接的能量管理单元。本发明根据实时可靠地钳位燃料电池单元的输出功率，优化燃料电池系统单元的输出性能；结合锂离子电池工作温度实时估算所述锂离子电池单元的欠压浮充充电电压，在确保降低锂离子电池容量损失的基础上避免锂离子电池单元的过充，能够提高所述锂离子电池单元的浮充安全性，进一步提高燃料电池/锂离子电池混合动力电动自行车系统的整车安全性和经济性。