本发明涉及一种亲疏水性分析树脂的自动清洗系统及清洗方法，属于分析树脂清洗技术领域，该系统包括清洗柱、可编程控制器、碱液罐、酸液罐、纯水罐、清洗液输送泵、在线pH仪和废液罐，树脂在清洗柱内采用上向流的清洗方式，以碱、水、酸、水的顺序进行交替清洗，通过电磁阀来切换清洗液和调控不同清洗液的清洗时间，清洗液的出水经在线pH仪检测，若清洗液浓度达标则反馈至可编程控制器对清洗液开始计时，直到完成设定时间后切换清洗液。为保证清洗后树脂不暴露在空气中，清洗出水以溢流的形式排出，清洗废液在废液罐中充分混合中和后排出以降低废液污染。