本发明公开了一种鳄鱼胶原蛋白抗菌肽的组合物及其制备方法，旨在提供一种对关节炎等骨关节疾病治疗方面具有良好的疗效的组合物，其技术要点是：该组合包括下述质量百分比的原料：鳄鱼胶原蛋白抗菌肽1-90%，D-氨基葡萄糖1-50%，硫酸软骨素1-50%，各组分之和为100%；其制备方法是：1）称取鳄鱼胶原蛋白抗菌肽，D-氨基葡萄糖，硫酸软骨素，麦芽糊精和粘合剂；2）将步骤1）称取的鳄鱼胶原蛋白抗菌肽和D-氨基葡萄糖多肽通过传统的喷雾方法制成细小颗粒，然后和硫酸软骨素颗粒混合在一起，充分的搅拌，再添加的麦芽糊精和粘合剂；属于生物医药技术领域。