本发明公开了一种电流互感器饱和引起二次电流畸变的补偿方法，步骤如下：（1）对二次侧畸变电流信号I1进行采样；（2）在二次侧畸变电流未饱和区内取4个连续的采样点，将其中一个采样点处的非周期量幅值设定为B，得出各采样点的非周期分量IQ(N)；（3）重复步骤（2），取n组4个连续的采样点，求出二次侧畸变电流信号饱和区各采样点的非周期分量IQ(N)；（4）求二次侧畸变电流未饱和区内各采样点周期分量的幅值Ip(N)；（5）对未饱和区的Ip(N)进行最小二乘法公式运算；（6）得到饱和区各采样点的周期分量幅值；（7）饱和区各采样点的周期分量幅值与二次侧畸变电流饱和区的周期分量幅值进行相加得到补偿电流I′(N)；本发明方法具有计算量小，精度高及补偿实时等优点。