本发明公开了用于烟草防病促生的复合微生物肥料菌剂及其应用。该菌剂是促进烟草生长和/或防治烟草病害的菌剂，其活性成分由里氏木霉（Trichoderma ressei）ACCC 30150和黄赭色链霉菌（Streptomyces silaceus）ACCC 40021组成。本发明的菌剂对环境友好，可抑制病害病原的耐药和抗药性发展，有利于绿色食品和有机农业的推广，并且成本低、无污染、对烟草作物安全。在土壤中引进拮抗微生物，通过生物防治可以有效地防治真菌、细菌性病害并可以有效的改善环境，维持农业生态系统平衡，为走烟草可持续发展道路提供强劲的后盾。