本发明提供了一种茎直黄芪中苦马豆素的提取工艺，包括：以茎直黄芪的根和/或茎为原料，直接粉碎，加入石油醚形成溶液；3—5小时后，对溶液进行超声波脱脂，回收石油醚；将超声波脱脂后的原料含水率控制在30—70%；再用85—90%浓度的甲醇作为溶剂，浸泡0.5—1小时后在微波输出功率为650～700W，进行微波提取35～40s，得到提取液，原料与甲醇的重量体积比为1:45～50g/ml；将提取液在130—140度下，先常压蒸发25—30min，再减压至0.3—0.5MP蒸发15—25min，得到苦马豆素纯品。本发明在缩短提取时间的基础上，实现进一步提高苦马豆素的提取效。