本发明提供一种基于多文件流的有限元两级分区两次缩聚并行方法，包括五个步骤：（1）将有限元模型剖分为若干个初始子区域，并将每个初始子区域模型信息单独保存在一个文件中；（2）各进程同时单独形成各初始子区域系统方程，并缩聚消去其内部自由度（3）局部主进程形成各组装子区域系统方程，并缩聚消去其内部自由度（4）局部主进程并行求解界面方程，再回代求解各组装子区域内部自由度；（5）各初始子区域根据顶层组装子区域结果回代求解内部自由度。若迭代结束则终止，否则重新从第二步开始。本发明在实现分布式数据存储的基础上，通过最大限度实现通信局部化，能够充分利用大规模并行计算机体系结构特点提升大规模有限元并行计算效率。